Le programme d'audits dits "de modernisation de l'Etat" a été mis en place par la circulaire du Premier ministre du 29 septembre 2005 qui indiquait la nature et les objectifs des audits de modernisation. Ont été lancés, en octobre 2005 les premiers audits de modernisation pour l'ensemble des ministères, en janvier 2006 une deuxième vague transversale d'audits sur l'optimisation des achats de l'Etat. La quatrième vague d'audits a démarré le 20 juin 2006. D'ici la rentrée, plus d'une centaine d'audits auront été entrepris portant sur 100 milliards d'euros de dépenses de l'Etat et concernant près de 500 000 agents. Tous ces audits sont réalisés en collaboration avec des agents du ministère concerné (des inspecteurs pour l'Education nationale) et des inspecteurs des finances.